ある日、自分の通う学園の校舎から転落してしまい、入院していた主人公の羽柴　空は、やっと退院できたのはよかったが、寮に戻ると転校生がルームメイトになっていた。その転校生、藤守　直は空の幼馴染というのだが、空の方は全く覚えていなかった。自分を忘れた空に反発する直と、ぎくしゃくしながらも平凡な学園生活が始まるハズだったが、様々な出来事が空に襲いかかる。自分を狙う数学教師、直の体を借りてせまってくる幽霊(?)少年…。はたして、空は一体どうなるのか？また、失くした幼い頃の記憶は取り戻せるのか？そして、空の恋は…？

空は、自分自身が封印していた記憶を取り戻し、そこに謎の組織が関係していることも知る。その組織に対抗するため、藤守と一緒に幼い頃あこがれていたお兄ちゃん、真一朗のもとで探偵修行を始める事になった。そんな中、交換学生のクリスが学園にやってきて、空に対し「悪霊がついています！」と迫ってきたり、怪盗416面相なんていうワケのわからない人物に襲われたりと、落ち着かない日々を過ごす空。だが、ある日、空の直の前に不可解な予告状が届いた事から謎が広まっていく。「−あなたの大切なモノをいただきに上がりますー」。そのカードの意味するものは一体…？